Pago alguma taxa para a Site.com.br?

Não.

A taxa de comercialização dos seus produtos são pagas diretamente aos gateways de pagamento, tais como: PayPal, Pagseguro, Cielo etc. Cada operadora tem uma taxa definida, sugerimos que pesquise diretamente no suporte de cada gateway:

PayPal: https://www.paypal.com/br/webapps/mpp/paypal-fees
PagSeguro: https://pagseguro.uol.com.br/taxas-e-tarifas.jhtml#rmcl
Cielo: https://www.cielo.com.br/solucoes-de-pagamentos/todas-as-solucoes-para-ecommerce.html